Antecedentes: El estudio de la epidemiología molecular de VIH-1 es imprescindible para el diseño de candidatos vacunales y de sistemas de diagnóstico.

Objetivo: Determinar la distribución de subtipos de VIH-1 en muestras de pacientes cubanos.

Metodología: Se estudiaron un total de 911 muestras (588 pacientes tratados y 323 naive) que asistieron al Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí (IPK) entre 2008 y 2013. Se determinaron las variantes de VIH-1 empleando la herramienta Rega Subtyping Tool versión 2, y se confirmó mediante análisis filogenético manual (programa MEGA 5).

Resultados: Las formas genéticas que predominaron fueron el Subtipo B(31,4%), los recombinantes BG(21,5%) y el CRF19_cpx(16,6%). El subtipo B fue más prevalente en hombres (p=0.022 OR: 1.6; 95%CI: 1.1-2.5)  y entre HSH (p<0.001 OR: 1.2; 95%CI: 1.4-2.9). Los subtipos A, C, F, G y H fueron significativamente más prevalentes entre individuos diagnosticados entre 1986-1990 y heterosexuales (p<0,05), mientras que los CRF BGs(20, 23, 24) se incrementaron de manera significativa en pacientes diagnosticados en el periodo 2006-2010(p=0,003, OR:1,7; IC:1,2-2,3). La variante viral CRF19_cpx se incrementó de manera significativa al comparar las muestras tomadas en el 2009-2010 vs 2011-2013(11.9% a 19.5%, p=0.0484) y la misma tendencia se observó para los recombinantes BG(18.8% a 23.0%, p=0.0627). De manera opuesta, el subtipo B disminuyó durante el mismo periodo desde 36.2% hasta 29.5% (p=0.0310, OR: 1.4; IC: 1.0-1.9).

Conclusiones: Este análisis reveló que se mantiene la alta diversidad genética del VIH-1 en Cuba, y que se observa disminución del subtipo B con expansión de algunas formas recombinantes.